@kei33 さん、詳細な手順ありがとうございます。
いただいた手順には「まず端末とマイノートクラウドに、AとBというファイルを入れて」とあります。
もし My Note Cloud へドキュメント B(以下、「B」)をアップロードし、それとは別に PC App によって端末へ B をアップロードしたとすれば、その時点ではそれぞれの B は別物であり、My Note Cloud 上の B は「クラウドのみ・同期待ち」という扱いとなっています。その状態で端末から B を削除して同期すると My Note Cloud 上の B は端末へ同期されます。
My Note Cloud に B をアップロードし、My Note Cloud から端末へ B を同期されていれば、その後に端末から B を削除して同期すると「クラウドのみのドキュメント」という扱いとなります。「クラウドのみのドキュメント」は、明示的に同期対象に設定しない限り、端末へは同期されなくなります。
PC App で端末へアップロードした B が My Note Cloud へ同期され、その後に端末から削除された場合も同様に「クラウドのみのドキュメント」となります。
My Note Cloud の自動同期機能によって、充電中に WiFi を ON にしておくことで同期され、ご不便が軽減されるかと思います。
文字でお伝えするのが大変難しい内容で恐縮ではございますが、ご参考になれば幸いです。
また、おっしゃるようにミラーリングのような同期が理想とは認識しておりますが。現時点ではハードウェアおよび本体ソフトウェアの制約により実現が困難です。メーカー側にもご意見を伝え、改善を検討してまいります。